• Kadından kaynaklanan sorunlar
• Erkekten kaynaklanan sorunlar
• Laboratuar işlemlerinden kaynaklanan sorunlar
• Klinik işlemlerden kaynaklanan sorunlar  

Kadından kaynaklanan sorunlar:

Kadın yaşı önemli bir noktadır. En iyi sonuçlar 25-37 yaş grubu kadınlarda alınmaktadır, 37 yaşından sonra kadının yumurtlatıcı ilaçlara verdiği yanıt azalmakta ve elde edilen yumurta kalitesi düşmektedir. Yumurtalar yıllar içinde karşı konulamaz bir şekilde yaşlanmaya uğramaktadırlar ve bu yumurtalardan oluşan embryolarda kötü olmaktadır. Aynı şekilde ileri yaşlarda oluşan gebelikler sonucu düşük riski ve Down sendromlu bebek riski de artmaktadır. Bu nedenle tüp bebek uygulaması önerilen çiftlerin vakit kaybetmeksizin işlemlerine başlamaları önerilmektedir.

Bazı olgularda kadın yaşı genç olsada yumurta kalitesi kötü olmaktadır ve bu sorun farklı uygulamalarda tekrarlamaktadır. Bu konuda çeşitli yöntemler denensede genetik problemlerden kaynaklandığı için her zaman başarılı sonuç alınamamaktadır.

Embryoların yerleşim yeri olan rahim içi tabakasının yapısı ve kalınlığı da etkili bir faktördür. Bu tabakanın ince olması ya da daha önce yapışıklıklar geçirmiş olması başarıyı düşürmektedir. Ayrıca rahim içinde myom varlığı veya rahimin anormal şekilli olması da gebe kalmayı engelleyebilir ya da gebe kalındıktan sonra düşüğe neden olabilir. Son yıllarda ortaya çıkan diğer bir tartışma tüplerde olan kistleşmenin (hidrosalpenks) rahim içine olumsuz etkisiyle gebelik şansını azalttığı ve bunların çıkarılması gerekliliğidir.

Erkeğe bağlı sorunlar:

Özellikle mikroinjeksiyon uygulamalarının ortaya çıkışıyla sperm sayısı ileri dercede düşük olan erkeklerde de umut doğmuş ve başarılı sonuçlar alınmıştır. Ancak menide hiç spermi olmayan ve mikroinjeksiyonun testisten alınan spermle yapıldığı erkeklerde  başarı şansı düşmektedir.

Klinik işlemlerden kaynaklanan sorunlar:

Tüp bebek uygulamalarında klinik işlemler başlıca yumurtalıkların uyarılması, yumurta toplanması ve embriyo transferidir. Yumurtalıkların uyarılması iğnelerle gerçekleştirilir ve kullanılan doz ve süre önem taşır. Bunları ayarlayabilmek için ultrason ve kanda bakılan östradiol hormonu düzeyleri yol göstericidir. Çok yüksek doz kullanımı ya da sürenin çok uzun ya da kısa olması başarıyı etkiler.

Yumurta toplama işlemide önemli bir aşamadır. Tecrübeli bir hekim tarafından yapılmalı ve mümkün olan en yüksek sayıda yumurta toplanmalıdır. Bazı olgularda yumurtalıkların aşırı hareketli olması ya da iğneyle erişilemeyecek kadar uzak olması toplama işlemini güçleştirmektedir. Embriyo transferide önemli bir adımdır, temiz ve ağrısız yapılmalıdır. Bazı olgularda rahim ağzının sert olması ya da rahimin ileri derecede kıvrık olması işlemi güçleştirir ve başarıyı etkiler.

Laboraruardan kaynaklanan sorunlar:

Yumurta toplama işleminden sonra yumurta ve sperm artık laboratuarda embriyologun elindedir. Bu aşama en önemli kısımlardan biridir, çünkü toplanan yumurtaların en iyi şekilde ısı ve ışık değişikliklerine maruz kalmadan spermle biraraya getirilmesi gerekir. Amaç vücut ortamına en uygun şartları sağlamaktır. Steril ortamlarda çalışılmalı her türlü etkiden uzak tutulmalıdır. Bu nedenle laboratuar personelinin uyumlu ve deneyimli olması gebelik şansını artıracaktır.